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細(xì)胞命運(yùn)的決策是單細(xì)胞層面的過(guò)程，伴隨科學(xué)進(jìn)步的發(fā)展，單細(xì)胞測(cè)序允許對(duì)單個(gè)細(xì)胞進(jìn)行高通量分子檢測(cè)，不僅在解決生物異質(zhì)性方面有著強(qiáng)大的功能，同時(shí)在低數(shù)量的生物材料問(wèn)題上有許多優(yōu)勢(shì)。
數(shù)據(jù)處理是目前單細(xì)胞測(cè)序中比較困難的一步，尤其是對(duì)沒(méi)有昂貴計(jì)算基礎(chǔ)設(shè)施的研究人員而言。然而發(fā)表在Cell Systems（IF：8.9）上的Geometric Sketching Compactly Summarizes the Single-Cell TranscriptomicLandscape對(duì) scRNA-seq數(shù)據(jù)處理方面做出了新的突破。
研究背景：?jiǎn)渭?xì)胞RNA測(cè)序（scRNA-seq）可測(cè)量數(shù)百萬(wàn)細(xì)胞中的基因表達(dá)，為生物學(xué)和疾病提供前所未有突破。然而，這些數(shù)據(jù)集對(duì)于傳統(tǒng)分析方法而言變得太大。本文提出了新的算法——幾何草圖繪制，它可以有效地從大量數(shù)據(jù)中采集具有代表性的子集，同時(shí)保留生物復(fù)雜性，突出稀有細(xì)胞狀態(tài)，并加速?gòu)?fù)雜分析，如數(shù)據(jù)集整合。 隨著scRNA-seq數(shù)據(jù)量的增加，幾何草圖繪制越來(lái)越有用。
幾何草圖旨在從大型scRNA-seq數(shù)據(jù)集中選擇一組細(xì)胞，使得該子集準(zhǔn)確反映完整的轉(zhuǎn)錄組異質(zhì)性。此方法不是隨機(jī)均勻地對(duì)細(xì)胞進(jìn)行取樣，而是在轉(zhuǎn)錄組空間上均勻取樣，這樣可以在最常見(jiàn)的細(xì)胞類(lèi)型中自然地去除多余的信息，并保留原始數(shù)據(jù)集中的稀有轉(zhuǎn)錄組結(jié)構(gòu)。其優(yōu)點(diǎn)是在保留稀有細(xì)胞狀態(tài)的同時(shí)對(duì)大量scRNA-seq數(shù)據(jù)集進(jìn)行二次采樣；對(duì)產(chǎn)生的“Sketch”加速了聚類(lèi)，可視化和集成分析；可以突出稀有細(xì)胞有助于發(fā)現(xiàn)罕見(jiàn)的炎性巨噬細(xì)胞亞型；并且Sketch可以對(duì)資源有限的實(shí)驗(yàn)室的單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)提高計(jì)算效率。
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單細(xì)胞分離開(kāi)，一共收集到以下5種方法：
6種擴(kuò)增技術(shù)供小主參考：
參考：Hie Brian,Cho Hyunghoon,DeMeo Benjamin et al. Geometric Sketching Compactly Summarizes the Single-Cell Transcriptomic Landscape.[J] .Cell Syst, 2019, undefined: undefined.
